（一）强制鉴定的伦理争议
婚姻中的信任危机
一方在未告知配偶的情况下秘密进行亲子鉴定，即使结果确认亲子关系，也可能摧毁夫妻信任。调查显示，约 30% 的 “隐形式鉴定” 最终导致婚姻破裂，即使鉴定结果为亲生，被隐瞒方的心理创伤仍难以修复。
未成年人的权益保护
对 14 岁以下未成年人进行亲子鉴定，需以 “最大利益” 为原则。法院通常不支持仅因父母怀疑而强制未成年人鉴定，除非有明确证据表明亲子关系存疑（如出生记录矛盾）。鉴定结果的告知方式也需谨慎，避免对未成年人造成身份认同危机。
（二）鉴定结果的社会涟漪效应
非婚生子女的身份困境
鉴定结果确认非亲生后，部分父母会选择遗弃或虐待子女，此类案例中，儿童保护机构可依法剥夺监护人资格。社会需建立支持体系，如心理干预、法律援助，避免将成人过错转嫁到孩子身上。
家族关系的连锁冲击
祖孙鉴定、叔侄鉴定等旁系亲缘鉴定，可能揭露家族中隐藏的血缘秘密（如抱错、非婚生育），导致家族关系重构。伦理学界建议，此类鉴定需由家族全体成年成员共同商议，避免单方面行动引发家庭分裂。
（三）隐私保护的伦理底线
数据滥用的风险边界
鉴定机构需遵守《个人信息保护法》，样本及基因数据的保存期限不得超过 3 年，且禁止用于鉴定以外的用途（如疾病预测、基因歧视）。2025 年新规要求，基因数据需采用区块链加密存储，杜绝非法泄露。
匿名鉴定的伦理边界
个人匿名鉴定虽保护隐私，但可能被用于恶意用途（如确认婚外子女）。伦理准则规定，机构需对委托目的进行合理性审核，发现可能涉及违法或伤害他人的情况时，有权拒绝委托。
亲子鉴定作为一把 “双刃剑”，既解决血缘疑问，也可能撕裂家庭关系。其合理应用需要法律规范、技术进步与伦理自觉的三重保障，在科学真相与人文关怀之间寻找平衡。